Na poziomie chemicznym, odmiany indica i sativa różnią się pod względem zawartości kannabinoidów jak również pod kątem bilansu innych związków takich jak terpeny.
W cannabis zidentyfikowano ponad 100 kannabinoidów, w tym tetrahydrokannabinol (THC) i kannabidiol (CBD), główne kannabinoidy występujące w marihuanie.
Czyste odmiany sativa zwykle posiadają wysoką zawartość THC i niską zawartość CBD. Z kolei odmiany indica mają niższą zawartość THC i nieco wyższą zawartość CBD. Jednak dzięki różnym skrzyżowaniom, można na rynku znaleźć zarówno odmiany sativa jak i indica o różnych poziomach stężenia kannabinoidów.
Po THC, CBD jest drugim najbardziej rozpowszechnionym kannabinoidem występującym w konopiach indyjskich. CBD znane jest ze sposobu, w jaki THC oddziałuje z ciałem, kontrolując działanie THC i być może modelując doświadczane odczucia haju.
W konopiach indyjskich znaleziono co najmniej 120 różnych terpenów. Stężenie i równowaga tych terpenów może w znacznym stopniu wpływać na smak i zapach określonej odmiany, a nawet na to jakie będą jakie jego efekty.
Odmiany indica znane są z posiadania profili smakowych skierowanych w stronę słodkiego piżma i bogatej ziemistości po ciemne owoce takie jak jagody czy winogrona. Natomiast odmiany sativa zazwyczaj cechują smaki cytrusowe, sosnowe, a nawet tropikalne.
